以下のものは掲載して頂いたikkokukan02をベースに作成したものです。
（２階の裏庭側の窓の位置に多少問題がありましたので）
maison80は１階のレイアウトを完全に同じにしたものです、
構造的には一番無理が無いです。
（２号室の奥の部屋が説明がつかない描写が出てしまいますが）
maison90は１号室だけレイアウトを変えたものです。
（８畳＋４．５畳、他は８畳＋６畳）
これだとほぼ全ての描写について説明することができます。
ただし、構造的に不可能だと言われると立つ瀬がありません。
今の時点では、これ以上のものは考えられません。
これからも暇を見て作成しようと思っていますが、この辺が
限界かもしれません。
原作の描写を完全に再現しようとすると、やはり無理なのですね。
私も、もう一度原作を見直してみて、確認しました。(^^)
しかし、懲りずにもう一度だけ作成してみました。(^^;;;
建物の外側、内側から見て矛盾が生じないように気をつけてみました。
気をつけたのは以下の通りです。
２階の面積は、１階よりも小さい
廊下の広さは、１階,２階ともに同じ
管理人室は１０畳間
各部屋のドアを入って、向かって右手は押し入れがある
１階は各部屋ともレイアウトは共通にする（１号室だけ微妙に違いますが…）
１階と２階のドアの縦位置は同じ
裏庭側の窓の縦位置は、１階,２階とも同じ（管理人室上は不明）
さらに、大前提として
２号室の上は、５号室である
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原作第１話では、１号室の上が５号室のように描写されていますが、これだと問題が多すぎますので
以下の理由で、参考にしません。
１号室の上が５号室では、コミックス第４巻「明るい５号室」、コミックス第８巻「ジャブ＆うっちゃり」
コミックス第１４巻「出たとこ勝負」などが成立しません。
コミックス第１０巻「深夜の面接」の各部屋のドアの位置についても説明が難しくなってしまいます。
また、コミックス第９巻「ロング グッドバイ」では管理人室の上に「謎の窓」がありますが四谷さんの部屋の物とは、違うようです。
コミックス第７巻「宴会謝絶」については、おっしゃる通り相当悩みますが、落ちた「てすり」が１号室の隣にあるなどから判断しました。(１号室の上は４号室と判断）
また、この配置なら四谷さんは管理人室を覗くのがほぼ不可能です(^^;
逆にこれだと説明のつかないところもかなりあります。(^^;;
コミックス第１巻「惣一郎の影」、コミックス第１２巻「逃がしてたまるか！！」、コミックス第１３巻
「１００％SHONEN場」は矛盾します。こればかりは、どうしようもないです(^^;
どちらを採用するかは、迷うところです。
ストーリー展開上、「ジャブ＆うっちゃり」で２号室の上は５号室であると設定されていますので
１号室の上は、５号室である
は採用しないことにしました。
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以上の点に注意して作成してみました。
今回も勝手ながら、平面図を添付させていただきましたので、よろしければご覧下さい。
（相変わらず汚い画像で申し訳ないです）
今回は、「未利用空間」が多いです(^^;
管理人室を１０畳にしたことで、廊下の幅が「一刻館の思い出」のように広くなってしまいます。
さすがに２間は現実的でないので、あのようになってしまいました。(T_T)
（８畳ならどうにかなりますが…）
１号室のカドの空間は、苦肉の策です。１号室のドアと廊下のカドがはなれすぎると、あまり現実的でなくなって
しまうので（あの空間が２間とれればとても自然にレイアウトできるのですが仕方ありません）
階段横の「未利用空間」は、１階と２階のズレをなくすためにどうしても必要になります。
２階のレイアウトは面積を小さくしたことで、かなり普通になりました。
廊下の突き当たりの「未利用空間」が少し気になりますね。
（物置にしたほうが自然かもしれません）
今回の結論としては、やはり「不可能ではない」としたいと思います。（あくまでも私の希望です(^^)）
１号室の上が５号室である、では不可能だと思います（窓の位置、ドアの位置などから）
「５号室をどこにするか」で可能説、不可能説に分かれるのではないでしょうか。
まず、一刻館の形状についてですが、原作初期の頃を見ると、正面から見たときに２階が１階より引っ込んでいます（完全な直方体ではない）。
つまり２階のほうが少し狭いことになり、この方が都合がいいので(^^; 私はそのまま使っていました。ただ１・２階のトイレの位置が合わないのはマズイのかもしれませんが…
次に、５号室の部屋の広さについては私も以前考察したのですが、「見るものか」からは６畳のように見えますが、いくら荷物が少ないとはいえ、住民達がどんちゃんやっている様子から見ると６畳では狭いようです。
ふすまの大きさを標準サイズ（幅を半間）として作品中から間取りを考察すると、縦が２間・横が２間或いは2.5間、つまり８畳か10畳だと思われます。ただしこれだと１階がかなり狭くなってしまうため、間取りを作成するには故意に広くしないといけないのですが…
そして、１号室は管理人室と２号室に圧迫されるため、これをどうするかが最大の問題だと思っています。そのまま描いてみると１号室がかなりいびつになるので、実際にこんな造りの建物がありえるのかと自問自答するわけです(^^)
ドアの位置は「深夜の面接」の扉絵などでも見れるとおり、２号室と５号室のドアが同じ位置なので、これから対称に各部屋を配置していけばいいと思います。
ただし一刻館を裏側から見ると、原作でも矛盾が生じていて、「逃がしてたまるか」などでは１号室の上が５号室になっているようです。つまり管理人室の斜め上に５号室があります。しかし、「宴会謝絶」では、２号室の上に５号室、１号室の上には窓がなく、管理人室の上には４号室、というこれまた違った構造になっていて何が何やら…
ともかく一階と二階の窓は並んでいるので、これをどう判断するかで大悩みです。
さて、一刻館の構造について考えてみました。 ホームページの「皆様からのご意見集」にもありますが、今回は私なりの考えをまとめてみました。
原作のみを対象にします（アニメは対象外）
コミックス１４巻、ワイド版１０集の「出たとこ勝負」
がやはり一番わかりやすいのでこれを参考にします。
一刻館の描写に注意していくと以下のような構造であると仮定できます。
一刻館は完全な直方体である（１階と２階は底面積が同じである）
１階は１部屋が２室ある、２階は１部屋１室である
少なくとも、以上の条件は必ず満たす事とします。
さらに、細かいところはコミックの色々な所を参考にある程度勝手に想像していきます(^^;
廊下の広さは、１階,２階ともに同じである
管理人室前廊下は、幅２メートル程度とする
管理人室は８畳間とする（ほんとは１０畳ぐらいほしいです）(^^;
１階の各部屋のレイアウトは、部屋ごとに異なる
各部屋のドアを入って、向かって右手は押し入れがある（３号室を除く）
などです。
この条件を満たすように一刻館の平面図を作成しました。
実際に作成してみると、かなり厳しいです。２階がやけに広くなってしまいます。(^^;;
１階も、一の瀬さんの部屋に押し入れがひとつしかないなど、不自然になってしまいます。
結論としては、不可能ではないが２階は（底面積が）ひと回り小さいほうが自然であるといえます。
不躾ながら平面図を添付いたしました、よろしければご覧下さい。
（縮小、圧縮したため絵が汚くなってしまいました、申し訳ないです）
一刻館の間取りは、実際に図面に描いてみると問題が次々に出てきます。１号室は２間でしょうけど、１号室の入口ドアは廊下の角の近くにあり、管理人室は１号室側に食い込んだ構造になっていますので、そのままでは１号室はかなりねじれたつくりになってしまいます。
２階が絡むと問題はさらに複雑になります。廊下の広さは原作で確認する限り同じはずです（ただ、正面から見て２階は１階より奥に引っ込んでいると思います）。それでも２階は１間ずつしかないので、各部屋が相当広くないとおさまらないのです。